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上海交大π超算助力生命科学赵立平团队Science发文

时间:2018-03-13 阅读: 我要纠错

       2018年3月9日,《科学》杂志发表了以上海交通大学生命科学技术学院赵立平教授团队为中心的国际合作团队的最新成果“Gut bacteria selectively promoted by dietary fibers alleviate type2 diabetes”.  

       在这篇具有重大学术意义的论文中,我们发现了一个“神秘人物”的身影,赵教授团队唯一提出感谢的对象:上海交通大学的π超算。那么,神秘的“π超算”是一个什么样的存在呢?      

       上海交大的π超算其实并不神秘,他只是有些“小众”。π超算是上海交通大学高性能计算中心建设运维的,旨在对校内大规模科学与工程计算需求提供技术支撑,于2013年正式成立上线的HPC高性能计算机,当时全球Top500排名第158名、国内教育部高校第1、上海市地区第一。π超算是一台由CPU节点+胖节点+加速卡节点(GPU+MIC)组成的异构高性能计算系统,峰值性能为262TFLOPS。自上线以来,目前π超算坚持面向重点和广泛受益原则,优先保证对大规模计算的需求,特别是冲击国际前沿水平、 涉及重大基础理论研究或涉及国民经济重大应用的国家级课题予以鼎力支撑,迄今为止已经支撑我校140逾支科研团队计算需求。赵立平教授团队的研究不仅长期获得π超算平台及其背后团队的技术支撑,而且鉴于其优秀的阶段性成果展示,曾多次获得超算用户委员会的机时奖励。可以说,该项研究在Science上的成功发文,是对上海交大高性能计算服务价值的肯定。     

       以下是赵立平教授对π超算的用户证言,“在高性能计算中心的大力支持下,我们顺利地完成了以元基因组高通量数据为核心的临床大样本数据分析,解析了高膳食纤维干预下肠道菌群参与改善肥胖、2型糖尿病等慢性代谢性疾病的可能途径,为相关研究内容在Science等相关杂志上的发表提供了基础。” 该研究通过一种以“功能群(guild)”为基础的数据分析策略,对元基因组等高通量数据进行了信息挖掘,发现多样化的膳食纤维饮食改善2型糖尿病的临床症状与其可以提高人体肠道内特定的有益“功能菌群”密切相关。这一发现提示以肠道关键菌为靶点的个性化营养干预可能是控制2型糖尿病的一种新的有效手段。     

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